Bahagian Perubatan merupakan salah satu daripada komponen teras dalam perkhidmatan kesihatan di Jabatan Kesihatan Negeri Melaka (JKNM). Bahagian ini bertanggungjawab dalam memantau perkhidmatan di fasiliti perubatan iaitu hospital kerajaan di Negeri Melaka dan juga Kemudahan Dan Perkhidmatan Jagaan Kesihatan Swasta (KPJKS). Ini adalah bagi memastikan agar perkhidmatan rawatan yang diberikan adalah berkualiti, selamat, memenuhi kehendak dan selaras dengan polisi dan dasar-dasar Kementerian Kesihatan Malaysia (KKM) semasa.
Bahagian ini adalah terdiri daripada 6 unit iaitu:-
Unit Perkembangan Perubatan bertanggungjawab ke atas pengurusan sumber, pembangunan modal insan dan juga pengurusan perkhidmatan perubatan di setiap hospital kerajaan di negeri Melaka. Unit ini juga terlibat di dalam pemantauan pengoperasian dan pengurusan hospital kerajaan di negeri Melaka.
Unit Penolong Pegawai Perubatan bertanggungjawab dalam pengurusan dan latihan kepada Penolong Pegawai Perubatan di Bahagian Perubatan, Jabatan Kesihatan Negeri Melaka. Selain itu, unit ini terlibat secara langsung dalam pemberian Perkhidmatan Pasukan Perlindungan Perubatan bagi sebarang aktiviti rasmi kerajaan yang melibatkan VVIP/ VVIP di negeri Melaka.
Unit Kejururawatan diketuai oleh Penyelia Jururawat U42. Unit ini bertanggungjawab ke atas pemantauan perkhidmatan kejururawatan dan pembangunan modal insan kejururawatan di hospital-hospital di Negeri Melaka agar dapat memberi perkhidmatan yang terbaik kepada pesakit .
Unit Kualiti Penjagaan Perubatan pula bertanggungjawab dalam perancangan, perlaksanaan dan pemantauan pencapaian program perubatan agar ia sentiasa mencapai standard yang ditetapkan oleh Kementerian Kesihatan Malaysia. Unit ini juga bertanggungjawab dalam pengurusan aduan dan piagam pelanggan.
Cawangan Kawalan Amalan Perubatan Swasta (CKAPS) bertanggungjawab ke atas pemantauan, perlesenan dan pendaftaran fasiliti-fasiliti kesihatan swasta di Negeri Melaka, seperti mana diperuntukkan dalam Akta Kemudahan dan Perkhidmatan Jagaan Kesihatan Swasta 1998 (Akta 586), Peraturan-Peraturan Kemudahan Dan Perkhidmatan Jagaan Kesihatan Swasta (Hospital Swasta Dan Kemudahan Jagaan Kesihatan Swasta Lain) Dan (Klinik Perubatan Swasta Atau Klinik Pergigian Swasta) 2006.
Unit Rekod Perubatan di bawah Pengurusan Perubatan memantau dan menyelia laporan-laporan dari semua hospital kerajaan menerusi Sistem Maklumat Pengurusan Kesihatan (HMIS) serta memantau dan menyelia reten HMIS e-reporting bagi Perkhidmatan dan Jagaan Hospital/Rumah Bersalin Swasta.
Unit Kejuruteraan Hospital bertanggungjawab ke atas projek-projek pembangunan di hospital kerajaan dan juga Perkhidmatan Sokongan Hospital.
Merancang, menyelaras, menyelia dan menilai pelaksanaan Program Rawatan Perubatan yang meliputi perkhidmatan diagnostik, rawatan pemulihan dan promosi kesihatan yang bersesuaian untuk memastikan perkhidmatan yang lebih cekap, berkesan dan mudah diperolehi oleh pesakit.